Isu-isu strategis untuk program Yappika 2008 – 2012 adalah:
Mendorong kebijakan yang efektif untuk menjamin terpenuhinya hak-hak dasar rakyat
Penguatan kapasitas organisasi masyarakat sipil (OMS) untuk memperjuangkan hak-hak dasar rakyat.
Penguatan kapasitas Yappika menjadi organisasi yang mandiri dan berkelanjutan sebagai sistem pendukung yang efektif bagi rakyat dan organisasi masyarakat sipil (OMS) dalam memperjuangkan hak-hak dasarnya.